Manuel Souris

From Jmol

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Manuel pour manipuler les molécules en utilisant la souris dans Jmol (appelé aussi 'mouvements de la souris')

Notes:

  1. Dans la configuration habituelle, le "bouton principal" est le bouton gauche, et le "bouton secondaire" est le bouton droit.
  2. Selon des compte-rendu, sur les souris à un seul bouton, Alt + traîner peut être équivalent à traîner avec le bouton du milieu.


</tr> </tr>
bouton principal bouton du milieu bouton secondaire
(gauche) (milieu) (droite)
Ouvrir le menu Jmol Ctrl + clic
ou clic sur le logo 'Jmol'
clic
Rotation autour de X,Y traîner
Se déplacer selon X,Y (= translation) Shift + double-clic et traîner double-clic et traîner Ctrl + traîner
marche aussi bien en cliquant sur la molécule qu'en dehors
Réinitialisaer et centrer Shift + double-clic* double-clic*
*marche seulement si le double-clic est fait en dehors de la molécule
Rotation autour de Z Shift + traîner horizontalement traîner horizontalement Shift + traîner horizontalement
(ne marche peut-être pas sur Mac)
Zoom avant / arrière Shift + traîner verticalement traîner verticalement
ou utiliser la molette de la souris
Implementé seulement à partir de Jmol 10.00.22:
Ne fonctionne qu'après qu'une commande slab on ait été effectuée
Slab (slab depuis l'avant) Ctrl+Shift + traîner (verticalement) *
Depth (slab depuis l'arrière) Ctrl+Shift + double-clic et traîner (verticalement) *
Déplacer la tranche (modifier slab et depth en conservant une épaisseur constante) Alt+Ctrl+Shift + traîner (verticalement) *
*si çà ne marche pas sur Mac, essayer d'appuyer sur le bouton de la souris en premier, puis les touches Ctrl+Shift, et enfin traîner
Slab peut être testé sur cette page



Comment sélectionner

  • Utiliser la commande appropriée pour choisir, par exemple

set picking group

pour changer la sélection pour un acide aminé en entier en cliquant sur un de ses atomes,
  • Cliquer sur un atome inverse son état de sélection.
  • Surtout utilise quand

set display selected

est positionné pour surveiller l'état de la sélection.


Comment effectuer des mesures

  • Distance (2 atomes):
    1. double-clic sur l'atome de départ
    2. pour fixer une mesure de distance, double-clic sur le second atome
  • Angle (3 atomes):
    1. double-clic sur l'atome de départ
    2. clic sur le second atome (atome central de l'angle)
    3. pour fixer une mesure d'angle, double-clic sur le troisième atome
  • Angle de torsion ou dihèdre (4 atomes)
    1. double-clic sur l'atome de départ
    2. clic sur le second atome
    3. clic sur le troisième atome
    4. pour fixer une mesure d'angle dihédral, double-clic sur le quatrième atome
  • Dans tous les cas:
    • déplacer le pointeur sur l'atome de destination pour voir les résultats de la mesure sans laisser de mesure permanente
    • se déplacer en dehors de la fenêtre pour annuler la mesure
    • faire la même mesure pour l'effacer
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